Для получения объективной информации, необходимой для принятия оперативных решений и долгосрочных программ по предупреждению и ликвидации негативных последствий различных видов пользования природными ресурсами, национальные парки осуществляют периодическую инвентаризацию и ведут систематические наблюдения за состоянием природных комплексов и объектов (мониторинг).

Программы мониторинга в национальных парках могут включать наблюдения за состоянием:

· эталонных, особо редких и уникальных, в том числе реликтовых, экосистем, играющих особую роль выживания редких видов животных и растений;

· биоразнообразия и качественного состава биоты (флоры и фауны), в первую очередь позвоночных животных и сосудистых растений;

· популяций редких видов растений и животных, включенных в Красную книгу России, региональную Красную книгу или региональный список особо охраняемых видов;

· охотничье-промысловых видов животных, особо ценных лекарственных растений, иных видов, имеющих существенную хозяйственную или социальную значимость;

· видов, особо уязвимых ввиду образования ими массовых скоплений (колониальных птиц, морских млекопитающих и т.д.);

· видов - эдификаторов.

Целесообразно все наблюдения вести по функциональным зонам, периодически обобщая эти данные по национальному парку в целом.

Наблюдения, имеющие федеральную и международную значимость, должны осуществляться по специально разрабатываемым программам, общим для всех национальных парков и государственных природных заповедников.

Полная инвентаризация объектов растительного и животного мира планируется МПР России по заявкам национальных парков. Эти работы выполняются силами специализированных государственных организаций с периодичностью  в 10–15 лет.